Flavien Michel, dans le siècle Ya’Qūb, Melkī, naît en 1858 à Kalaat Mara, un village à l’est de Mardin, en Turquie, au sein de l’Empire ottoman. Il appartient à une famille orthodoxe syriaque originaire de Kharput.
En 1868, il rejoint le monastère de Saffron afin d’y étudier la théologie ainsi que le syriaque, l’arabe et le turc. Il est consacré diacre en 1878 et devient secrétaire de la bibliothèque ainsi qu’enseignant à l’école du monastère.
Il se rapproche du catholicisme et rejoint l’école du monastère catholique syriaque de Charafe durant quatre ans. Il est alors ordonné prêtre à Alep le 13 mai 1883, puis est affecté à divers villages de Tur Abdin. Son église et sa maison sont saccagées et incendiées lors des massacres de 1895 qui conduisent également à l’assassinat de sa mère et de nombreux membres de sa paroisse. Les années suivantes, il continue de servir comme prêtre dans plusieurs villages de Tur Abdin, dont il participe à la reconstruction. En raison de ses œuvres, il est ordonné chorévèque et vice-évêque de Mardin et Gazarta en 1897.
En 1899, le pape Léon XIII (Vincenzo Gioacchino Pecci, 1878-1903) le nomme éparque de Gazireh, puis confirme sa nomination le 14 septembre 1912. Il est alors consacré le 19 janvier suivant par le patriarche Ignace Éphrème II Rahmani.
L’été 1915, au plus fort du génocide assyrien, Mgr Melkī, qui est alors à İdil, retourne à Gazarta afin de prévenir la population d’un massacre imminent contre les chrétiens ayant refusé de fuir malgré les menaces des dirigeants musulmans locaux. Témoin de la misère des populations persécutées, il vend tout ce qu’il possède, y compris ses vêtements liturgiques, afin d’aider les plus pauvres. Il s’efforce également d’encourager les chrétiens à défendre leur foi malgré les persécutions. C’est ainsi qu’il est arrêté par les autorités ottomanes le 28 août 1915, aux côtés de son homologue chaldéen, Mgr Philippe-Jacques Abraham.
Les autorités leur donnent le choix entre la mort ou la conversion à l’islam. Les deux évêques choisissent le martyre. Mgr Abraham est alors tué d’un coup de fusil tandis que Mgr Melkī est battu jusqu’à ce qu’il perde connaissance, puis il est décapité.
En 2010, Mgr Ignace Joseph III Younan, patriarche catholique syriaque, lance un appel pour la béatification de Mgr Melkī. Il est alors rapidement déclaré Serviteur de Dieu par le Saint-Siège. Puis, le 30 septembre 2012, le patriarche Younan présente un rapport à Rome.
Enfin, le 8 août 2015, le pape François approuve un décret de la Congrégation pour la cause des saints reconnaissant le martyre de Mgr Melki. Sa béatification est alors approuvée après que le pape eut déterminé que Melkī fut tué en « haine de la foi ». L’annonce de sa béatification survient alors quelques jours après les nouvelles dénonciations du pape concernant les « persécutions atroces, inhumaines et inexplicables » de l’État islamique ainsi que « le silence de tous ».
Flavien Michel Melkī, a été proclamé Bienheureux le samedi 29 août 2015, par le card. Angelo Amato s.d.b., Préfet de la Congrégation pour la cause des Saints, au cours d’une liturgie solennelle en programme au couvent Notre Dame de la Liberation à Harissa, Liban. La cérémonie a été présidée par le patriarche syro-catholique Ignatius Youssef III.
La fête du bienheureux Flavien Michel Melki, évêque et martyr († 1915), est fixée au 29 Août